إنه لقد اعتبر إنشاء الجامعات الإسلامية الحكومية تجسيدا لفكرة أغلبية المسلمين من سكان إندونيسيا، وتحقيقا لبذل جهودهم الطويلة والمتواصلة منذ أن كانت هذه الجامعة تعرف أكاديمية العلوم الدينية(ADIA) عام 1957-1960 م، وهي كانت بمثابة كلية تابعة للجامعة الإسلامية الحكومية التى كان مقرها في جوكجاكرتا (1960-1963 م)، ثم بدأ اعتبارها جامعة إسلامية حكومية شريف هداية الله بجاكرتا (IAIN) بدءا من عام 1963 م حتى أصبحت الآن جامعة اسمها شريف هداية الله الإسلامية الحكومية بجاكرتا(UIN) وذلك بناء على قرار السيدة الرئيسة للجمهورية الإندونيسية الصادر تحت رقم 31 عام 2002 بتاريخ 20 مايو 2002 م.

والرؤية المستقبلية للجامعة هي جعل الجامعة في مقدمة مؤسسات التعليم العالي في دمج الجوانب العلمية والإسلامية والإندونيسية. وأما رسالتها فهي كالآتي:

1. تخريج المتخرجين العلماء المتفوقين القادرين على إحراز تقدم في مسايرة المنافسة الدولية.
2. القيام بإعادة تجميع العلوم الدينية والعلوم العصرية الحديثة.
3. ترسيخ قواعد الأخلاق المألوفة في سبيل تنمية العلوم والتكنولوجيا، وتنوير الأعمال الهادفة إلى رعاية الإيمان والتقوى.
4. تنمية العلوم المختلفة عن طريق البحوث العلمية.
5. الإسهام في ترقية مستوى حياة المجتمع.

وفي العام الجامعي 2002/2003 م تقوم الجامعة بإدارة 9 (تسع) كليات للمرحلة الجامعية الأولى، وهي: 1) كلية التربية والتعليم، 2) كلية الآداب والعلوم الإنسانية، 3) كلية أصول الدين والفلسفة، 4) كلية الشريعة والقانون، 5) كلية الدعوة والاتصال، 6) كلية الدراسات الإسلامية والعربية، 7) كلية علم النفس، 8) كلية الاقتصاد والعلوم الاجتماعية، و9) كلية العلوم والتكنولوجيا، بالإضافة إلى برنامج الدراسات العليا لمرحلتي الماجستير والدكتوراه.

1. كلية التربية والتعليم

تقوم الكلية بإدارة قسم تعليم العلوم الشرعية، وقسم تعليم اللغة العربية، وقسم العلوم التربية الإسلامية (وله تخصص الإشراف التعليمي وتخصص الإدارة التعليمية الإسلامية)، وقسم تدريس اللغة الإنجليزية، وتخصص تدريس الرياضيات، وتخصص تدريس العلوم الطبيعية، والدبلوم لتأهيل المدرسين والدبلوم للعامين ولثلاثة أعوام.

2. كلية الآداب والعلوم الإنسانية

تحتضن الكلية عدة أقسام وتخصصات، وهي اللغة العربية وأدبها، والتاريخ والحضارة الإسلامية، والترجمة، واللغة الإنجليزية وأدبها، والمكتبات.

3. كلية أصول الدين والفلسفة

تحتضن الكلية عدة أقسام وتخصصات هي: مقارنة الأديان، وعلم الاجتماع الديني، والعقيدة والفلسفة، والفكر السياسي الإسلامي، والتفسير والحديث. 4. كلية الشريعة والقانون

تحتضن الكلية عدة أقسام وتخصصات هي: الأحوال الشخصية (تخصص القضاء الديني والإدارة التزويجية)، والجنايات والسياسية (تخصص الجنايات الإسلامية والسياسة الشرعية)، ومقارنة المذاهب والقوانين (تخصص مقارنة المذاهب الفقهية والقوانين الوضعية)، والمعاملات (تخصص البنوك الإسلامية والتأمين الإسلامي).

5. كلية الدعوة والاتصال

تحتضن الكلية 4 أقسام، هي: الاتصال ونشر الدعوة الإسلامية، والإرشاد والتوجيه الإسلامي، وإدارة الدعوة، وتنمية المجتمع الإسلامي.

6. كلية الدراسات الإسلامية والعربية

تهدف الكلية إلى إعداد متخصصين مؤهلين فى الدراسات الإسلامية والعربية. تستعمل الكلية اللغة العربية لغة المحاضرة، وتنظم على مستوى عالمي نظرا لنوعية كلية الدراسات الإسلامية بجامعة الأزهر بالقاهرة. وتقوم الكلية بإدارة الدراسات الإسلامية الشاملة فى العقيدة، والشريعة، واللغة العربية.

7. كلية علم النفس

أنشئت الكلية بموجب قرار المجلس العلمي للجامعة الذي نص عليه قرار رئيس الجامعة رقم 004 عام 2001.

تهدف الكلية إلى إعداد متخصصين مساهمين فى علاج مشاكل نفسية طبقا لمدخل القيم الإسلامية.

8. كلية الاقتصاد والعلوم الاجتماعية

تهدف الكلية إلى تنمية علم الاقتصاد ذي طابع إسلامي، وذلك بدمج الجوانب الاقتصادية والتعاليم الإسلامية، مما يؤدي إلى تخريج متخصصين مؤهلين فى الاقتصاد ملتزمين بالقيم الإسلامية. وتحتضن الكلية تخصصين هما: المحاسبات والإدارة.

9. كلية العلوم والتكنولوجيا

تقوم الكلية بتنمية العلوم الرياضية والتكنولوجيا المصطبغة بالقيم الإسلامية. وتحتضن سبعة تخصصات هي: الرياضيات، والفيزياء، والبيولوجيا، والهندسة الإعلامية، والأنظمة الإعلامية، والاقتصاد الزراعي.

وإلى جانب القيام بإدارة التعليم للمرحلة الجامعية الأولي، تقوم الجامعة بإدارة الدراسات العليا لمرحلتي الماجستير والدكتوراه عن طريق البحث. وتهدف الدراسات العليا إلى إعداد متخصصين لهم روح الانفتاح ونظرات متحررة للتقدم العلمي والتكنولوجي والتغيرات الاجتماعية، وهم قادرون على القيام بالإصلاحات فى التربية الإسلامية، وتطوير البحوث العلمية فى العلوم الإسلامية لمرحلة التعليم العالي.

تحتضن الجامعة هيئات إدارية وغير إدارية:

أ‌. الهيئات الإدارية هي وحدات تنفيذية تابعة للجامعة، ولها كيانها التنظيمي بشكل واضح فى الهيكل التركيبي للجامعة. ومن بين هذه الهيئات: هيئة البحوث العلمية، وهيئة الخدمات الاجتماعية، ومركز الحاسوب، والمكتبة.

ب‌. الهيئات الغيرإدارية هي وحدات تنفيذية تابعة للجامعة ووظائفها معترف بها ورسميا من قبل رئيس الجامعة، إلا أنها تعتبر خارجة عن الهيكل التركيبى الرسمي. ومن بين هذه الهيئات: هيئة التنسيق للجامعات الإسلامية الأهلية بجاكرتا وما يجاورها، ومؤسسة "شريف هداية الله" الإسلامية، ومدرسة "التنمية" الإسلامية، والجمعية التعاونية لموظفي الجامعة، وهيئة شؤون الأركان الخاصة بالعبادة والدعوة، ومستوصف شريف هداية الله، وهيئة الطبع والنشر للجامعة، وروضة "كوتيلانج" لتعليم الأطفال، وهيئة شئون الطلاب والمتخرجين، ومركز اللغات والثقافات، ومركز دراسات المرأة، ومركز الدراسات الإسلامية والاجتماعية، ومركز تنمية الموارد البشرية، والمركز الإسلامي للاستشارة والإعانة فى الأحكام الإسلامية والحقوق الإنسانية، ومركز دراسات البيئة، ومركز تنمية الإدارة، ومركز التنمية والتدريس، ومركز الدراسات الفلسفية، ومركز تنمية العلوم والتكنولوجيا، وهيئة الاستشراف في السيكولوجيا التطبيقية، ومركز الأعمال التجارية والتنمية الاقتصادية، ومركز إندونيسيا للتربية المدنية، ومركز دراسات التراث الإسلامي، وهيئة الإذاعة داخل الجامعة، ووحدة تنفيذية للمشروعات الجامعية وهي عبارة عن مركز للتعاون العالمي.